Possono essere ammessi direttamente al secondo ciclo gli studenti che hanno completato il I ciclo (propedeutico) o il curricolo filosofico‑teologico in un Seminario o in una Facoltà teologica, a meno che il Decano non giudichi necessario ovvero opportuno esigere un corso previo di Lingua latina o di Istituzioni di Diritto canonico.

 Questo ciclo, che deve protrarsi per sei semestri o un triennio, è dedicato allo studio di tutto il Codice attraverso la trattazione delle sue fonti sia magisteriali che disciplinari, a cui si aggiunge lo studio di materie affini. Ogni studente, in tale periodo, viene introdotto al lavoro scientifico attraverso esercitazioni pratiche di ricerca, soprattutto sulle Fonti. Inoltre, è obbligatoria nel triennio la partecipazione ad un seminario sotto la guida di un professore della Facoltà ed anche ad un corso opzionale. Delle varie discipline previste nel triennio alcune, quelle a carattere introduttorio - fondamentale (I anno), vengono impartite ogni anno, le altre (II-III anno), ad anni alterni (II: II/A; III: II/B). Le lezioni si tengono ogni giorno, dal lunedì al giovedì. La frequenza ai corsi ed ai seminari è obbligatoria.

Prima della conclusione del ciclo lo studente dovrà presentare una congrua dissertazione scritta che dimostri la sua capacità di lavorare a livello scientifico e di poter eventualmente continuare, avendo dimostrato le capacità, gli studi nel terzo ciclo. Il lavoro scritto, cioè la tesi di Licenza, che deve avere un’estensione che va dalle  50 alle 100 pagine, lo studente la redige d'accordo col suo Moderatore; questo soltanto dà il giudizio ed il voto. Il Decano dovrà essere informato dallo studente, sia sull'argomento che sul Moderatore via e-mail secondo i tempi e le indicazioni che saranno date.

Il secondo ciclo si conclude con l'esame De universo Iure. Detto esame orale di Licenza si svolge, per lo spazio di sessanta minuti, davanti a quattro esaminatori sugli argomenti contenuti nell’elenco Argumenta proposita pro examine ad Licentiam in Iure Canonico consequendam. I membri della Commissione possono interrogare su tutte le materie, senza limitarsi alle materie da loro insegnate. Gli studenti che concludono il triennio e sostengono l’esame finale di Licenza nella sessione estiva o autunnale immediatamente successiva, non sostengono l’esame nelle singole discipline codiciali dell’ultimo semestre frequentato. Gli altri sono tenuti a sostenere detti esami.

L'esame finale non può avere luogo prima che lo studente abbia adempiuto tutti gli altri requisiti accademici ed amministrativi. Gli studenti che desiderano fare l’esame di Licenza nella sessione di giugno devono consegnare al Moderatore la redazione definitiva della tesina in modo da riceverne il voto entro e non oltre il 30 aprile 2012.